亚甲基蓝不是官方限制级药物，主要用于水霉病、小瓜虫，可以替代孔雀石绿，溶于水的亚甲基蓝对鱼的损伤比较小，而且这种药物在很多领域都有建树，包括工业、医药、皮肤护理等，甚至这种药物也会应用于癌症这种比较棘手的病症。
这么看来，亚甲基蓝的药用性挺不错的，它的效用还可以再次研究，在更多方面做出贡献。不过很多鱼友对于亚甲基蓝的认识可能不多，经常分不清甲基蓝跟亚甲基蓝之间的区别。
甲基蓝跟亚甲基蓝之间区别可以首先从分子结构是上看。
亚甲基蓝：化学式：C16H18ClN3S
甲基蓝：分子式：C37H27N3Na2O9S3
（药物成分表中有标记）
其次，这两种物质的颜色也有区别。无水的亚甲基蓝是深绿色，甲基蓝是红棕色粉末。
跟甲基蓝相比，亚甲基蓝在治疗鱼病方面更优秀，如果有朋友说这俩是同一种物质，一定是没做好功课。
也有人所说亚甲基蓝溶于水会变成甲基蓝，我暂时没有找到能支撑这个论点的证据，有了解的朋友可以留言。
亚甲基蓝在治疗非后期鱼病比较有效，可以用于水霉、烂尾，车轮虫、小瓜虫、口丝虫、斜管虫性疾病，跟三代虫、指环虫、以及皮肤和鳃部的寄生虫。
使用浓度为10毫克/升的亚甲基蓝溶液，每次浸泡鱼体10-20分钟，可以防治水霉病，跟盐配合，效果有保障。
2-3毫克/升的浓度，每个两三天使用一次，连续使用3-4天，对烂尾有较好的治疗作用。
亚甲基蓝是氧化剂，可以将亚硝酸盐氧化为硝酸盐，也可以抑制并杀死细菌，不过它对硝化细菌也是有些影响的，所以在使用后要做一些措施。
虽然亚甲基蓝有诸多效用，但它跟孔雀石绿一样，自身含有三苯甲烷结构，被日本跟美国等国家列为禁药，人吃残留有一定浓度亚甲基蓝的食物，会导致畸形。